文献数据库——功能研究 v4.0

第一部分 文献基本信息
* title（文献的标题）

注：填写时请保留文末英文标点“.”
* pmid（PubMed数据库中文献的编号）
第二部分 文献的研究类型

研究类型分为：现象研究、放射干预研究及功能研究

现象研究：观察不同放射敏感性状细胞系（或动物模型）的特征，并对其遗传分子差异进行比较。例如：基因表达、蛋白表达、甲基化、突变、非编码RNA等。

放射干预研究：对某一细胞系（或动物模型）进行某种辐射干预，观察该细胞系（或动物模型）辐射后遗传分子事件的变化，其目的是研究射线对细胞所造成的遗传学影响。

功能研究：对某一细胞系（或动物模型）进行分子生物学干预，或将其暴露于某种可控的因素下，研究该细胞系（或动物模型）放射敏感性的变化，其目的是研究影响细胞放射敏感性的分子生物学因素和（或）外源物质因素。
* 该文献是否包含功能研究？(functional study)
* 该功能研究是否需要填写7份或以上问卷？
请阅读原文后慎重选择
  • 如为“否”，请继续填写以下问卷。
  • 如为“是”，则跳至文末提交。
（一）起点：对象
* 1.1 tumor type
肿瘤类型参考TCGA的tumor type及简写，请选择下列之一的选项。如无匹配的肿瘤类型选项，请选择最末选项“Others”，并在空格处填写相应的肿瘤类型名称。
  • 请填写相应肿瘤类型的英文全称，非简写。例如，如文中肿瘤类型为非小细胞肺癌，但经查证，仍不能明确是腺癌还是鳞癌，可在此处填写“Non-Small Cell Lung Cancer”。
* 1.2 sample type（研究的样本类型）
  • 所研究细胞来源于自发性肿瘤动物模型或诱发性肿瘤动物模型。如细胞来源于移植瘤肿瘤动物模型，则应归类为”cell line“选型。
  • 所研究细胞来源于人体组织
* 1.3 intervention object（干预对象-样品名称）
细胞系相关信息可以查询：https://portals.broadinstitute.org/ccle

注：请选用文中所列出的细胞系（或动物模型、人组织标本）名称，一个问卷只填写一个样本。如有多个样本，请新增问卷填写。
------插入说明------

关于“基因”与“蛋白”的说明：

在 描述基因、基因mRNAs或由其编码的蛋白质水平的变化时，经常会因错误使用命名规则而引发混淆。如果作者一会儿提及基因表达水平，一会儿转至蛋白质水 平，再过一会又回到基因，这只会乱上加乱，尤其是当基因和蛋白质同名时。因此，一般来讲作者会确切地告知读者所提及的到底是基因还是蛋白质。


另一方面，对于基因和蛋白的命名，不同物种有不同的命名 规则，但一般来说，基因名称应写成斜体，蛋白质则采用正体。大小写常用于区分不同物种：一般地，对于小鼠、大鼠和鸡，基因名称首字大写，其余小写；对于 人、灵长类和某些家禽/家畜，基因名称均使用大写字母。

还有，在描述mRNA时一般使用基因名称(如，“levels of p53 mRNA”)，也可用“for”来加以连接(如，“levels of the mRNA for p53”)。“表达”(expression)一词通常用于描述基因表达，如果用于描述蛋白质和mRNA水平，就会引发混乱；因此，在提及蛋白质时，建议 不用“express”一词，而是直接改用“level”(或“levels”)。应高度注意所提及物种的适用命名规则；在文章中只要提及蛋白质、基因或mRNA的 名称，应确保其是明白无误的。

•    “Expression of the Igf1 gene was increased in our transgenic mice” (这里在提及基因时使用了斜体并加上“gene”一词，读者能够一目了然)
•    “The levels of IGF1 mRNA were elevated in our patient group” (这是人类基因的正确命名规则)
•    “The serum IGF1 levels were elevated in the transgenic mice” (这里很显然提及的是蛋白质，使用大写字母是适宜的，尽管物种是小鼠，因为这是小鼠蛋白质的正确命名规则)

（二）过程：干预（暴露）
2.1 分子生物学干预
* 2.1.1 分子生物学干预之一
  • 如原文设立有分子生物学干预，请选择“是”。
  • 如原文未设立分子生物学干预，请选“否”。
* 2.1.1.1 type of molecular biology intervention target（分子生物学干预靶点及其类型）
  • 如靶点为gene，点选并跳至下一题填写gene名称及ID
  • 如靶点为蛋白，请在空格处填写蛋白名称
  • 如靶点为microRNA，请在空格处填写相应microRNA名称
  • 如靶点为non-coding RNA，请在空格处填写相应non-coding RNA名称
  • 请在空格处填写相应甲基化的结果。特别注意：如果甲基化仅涉及明确的单个基因，则填写gene名称及ID；如涉及多个基因或大片基因，则不填写具体gene名称及ID，用“-”代替。
  • 请在空格处填写相应突变的结果。特别注意：如果突变仅涉及明确的单个基因（如点突变），则填写gene名称及ID；如涉及多个基因或大片基因，则不填写具体gene名称及ID，用“-”代替。
  • 如靶点非上述选项，请在空格处填写相应名称
* 2.1.1.2 gene name（基因名称）
请选用文中所列出的基因名称，一个问卷只填写一个基因。如有多个基因，请新增问卷填写。
* 2.1.1.3 gene id（基因ID）
基因ID查询网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/

注：请注意基因的种族（Species）及别名（Aliases），与文献进行核对后填写。

* 2.1.1.4 intervention method（干预措施）
注：
1. 填写语法：需至少包含干预方式及干预媒介这两个信息，以“by”或“with”等词连接。例如：knockdown by transfection with PAG1 siRNA，block with CD147 antibody等等。

2. 一个问卷只填写一种干预措施。
* 2.1.2 分子生物学干预二
说明：在同一实验中，如同时存在2种分子生物学干预，请选“是”。例如对一株细胞，既用siRNA干扰PAG1的表达，又予以CD47 antibody封闭细胞表面CD147分子功能，最终观察细胞放射敏感性变化。则“knockdown with PAG1 siRNA"为干预一，“block with CD147 antibody"为干预二。
  • 如原文仅设立一个分子生物学干预措施，请选“否”。
* 2.1.2.1 type of molecular biology intervention target（分子生物学干预靶点及其类型）
  • 如靶点为gene，点选并跳至下一题填写gene名称及ID
  • 如靶点为蛋白，请在空格处填写蛋白名称
  • 如靶点为microRNA，请在空格处填写相应microRNA名称
  • 如靶点为non-coding RNA，请在空格处填写相应non-coding RNA名称
  • 请在空格处填写相应甲基化的结果。特别注意：如果甲基化仅涉及明确的单个基因，则填写gene名称及ID；如涉及多个基因或大片基因，则不填写具体gene名称及ID，用“-”代替。
  • 请在空格处填写相应突变的结果。特别注意：如果突变仅涉及明确的单个基因（如点突变），则填写gene名称及ID；如涉及多个基因或大片基因，则不填写具体gene名称及ID，用“-”代替。
  • 如靶点非上述选项，请在空格处填写相应名称
* 2.1.2.2 gene name（基因名称）
请选用文中所列出的基因名称，一个问卷只填写一个基因。如有多个基因，请新增问卷填写。
* 2.1.2.3 gene id（基因ID）
基因ID查询网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/

注：请注意基因的种族（Species）及别名（Aliases），与文献进行核对后填写。

* 2.1.2.4 intervention method（干预措施）
注：
1. 填写语法：需至少包含干预方式及干预媒介这两个信息，以“by”或“with”等词连接。例如：knockdown by transfection with PAG1 siRNA，block with CD147 antibody等等。

2. 一个问卷只填写一种干预措施。
2.2 暴露
* 2.2.1 暴露一
  • 如原文设立有暴露因素，请选择“是”。
  • 如原文未设立暴露因素，请选择“否”。
* 2.2.1.1 type and name of exposure factors （暴露因素的类型及名称）
  • 生物暴露（细胞外生物体）。请在空格处填写具体名称。eg. co-culture with macrophages...
  • 化学暴露（细胞外物质，包括抗体、拮抗剂、放疗增敏剂等等）。请填写具体化合物的名称。
    特别注意：如在上述分子生物学干预中已经填写，如"block with CD147 antibody"，此处仍要填写具体化合物名称。前者重点在于细胞内被干预的靶点（如CD147分子），这里重点在于外源的化合物（如CD147 antibody）。
  • 物理暴露（细胞外环境或物理条件，包括氧浓度、温度、酸碱度等），请在空格处填写具体信息。eg. hypoxia, hypothermia, serum-free media...
  • 如无法归入上述三类，可在空格中填写具体信息。
* 2.2.2 暴露二
说明：在同一实验中，如同时存在2种暴露因素，请选“是”。例如对一株细胞，既予以cisplatin增敏，又将细胞置于乏氧条件下。则“cisplatin"为暴露一，“hypoxia"为暴露二。
  • 如原文仅设立一个暴露，请选“否”。
* 2.2.2.1 type and name of exposure factors （暴露因素的类型及名称）
  • 生物暴露（细胞外生物体）。请在空格处填写具体名称。eg. co-culture with macrophages...
  • 化学暴露（细胞外物质，包括抗体、拮抗剂、放疗增敏剂等等）。请填写具体化合物的名称。
    特别注意：如在上述分子生物学干预中已经填写，如"block with CD147 antibody"，此处仍要填写具体化合物名称。前者重点在于细胞内被干预的靶点（如CD147分子），这里重点在于外源的化合物（如CD147 antibody）。
  • 物理暴露（细胞外环境或物理条件，非辐射，包括氧浓度、温度、酸碱度等），请在空格处填写具体信息。eg. hypoxia, hypothermia, serum-free media...
  • 如无法归入上述三类，可在空格中填写具体信息。
2.3 干预（暴露）所引起的中间事件（中间变量）
* 2.3.1 type of intermediate event（中间事件的类型）
  • eg. negatively regulate expression of WEE1属于Genetic Phenomena
  • eg. induce apoptosis属于Cell Physiological Phenomena
  • 如不属于上述选项，请在空格处填写具体类型。详情可在Pubmed上查找Phenomena and Processes Category[MeSH Terms]的子分类
  • 原文未提及
* 2.3.2 regulatory medium and manner（调控媒介及方式）
请保持语义完整、准确，例如：up-regulated expression of WEE1
2.4 辐射（存在或不存在变量因素）
* 2.4.1 type of radiation source (干预措施中辐射所采用的射线类型）
  • eg. carbon ion
  •  放射性同位素。请在空格处填写同位素具体名称，上标用英文括号表示，如I (131)、Y (90)等。
  • 原文未提及
* 2.4.2 radiation dose （干预措施中辐射所采用的照射剂量）
  • 请填写具体剂量。并附上单位。
    1. 剂量有两种表现形式，一种为辐射剂量，单位为格瑞，用“Gy”表示；一种为放射活性（放射源为同位素），单位为居里，用“mCi”表示；注意单位之间的换算；
    2. 如辐射剂量作为变量因素，一个空格只填写一个剂量，并新增问卷填写其他剂量。
    3. 如辐射剂量不作为变量因素，则可参照如下格式填写文中剂量，eg: 0, 2, 4, 6, 8 Gy（注：标点为英文半角）。
  • 请仔细查找，除非原文的确未提及。
* 2.4.3 radiation fractionation （干预措施中辐射所采用的分割模式）
  • 原文未提及
（三）终点：结局（放射敏感性变化）
* 3.1. 结果一
* 3.1.1. 参照
研究中进行比较所选取的参照，可以为空白对照，也可以为阴性对照或干预对照。
注：
1. 请根据原文、实验结果图表的表述及作者原意（原文未提及的对比无需填写参照），在空格处填写具体的参照对象或参照干预措施，多个变量之间以“+”连接。如siRNA-XIST与siRNA-control比较, 4Gy + miR-29c与4Gy + miR-control比较，X-ray 2Gy + cisplation与X-ray 8 Gy+ cisplation比较，分别在空格处填写后者（高亮所示）。
2. 请注意，comparison遵循单一变量原则，请填写参照时慎重。
* 3.1.2. result of functional study（放疗敏感性的变化）
  • 阴性结果
* 3.2. 结果二
存在2个以上结果的，请新增问卷填写。
* 3.2.1. 参照
研究中进行比较所选取的参照，可以为空白对照，也可以为阴性对照或干预对照。
注：
1. 请根据原文、实验结果图表的表述及作者原意（原文未提及的对比无需填写参照），在空格处填写具体的参照对象或参照干预措施，多个变量之间以“+”连接。如siRNA-XIST与siRNA-control比较, 4Gy + miR-29c与4Gy + miR-control比较，X-ray 2Gy + cisplation与X-ray 8 Gy+ cisplation比较，分别在空格处填写后者（高亮所示）。
2. 请注意，comparison遵循单一变量原则，请填写参照时慎重。
* 3.2.2 result of functional study（放疗敏感性的变化）
  • 阴性结果
* key sentences
请填写原文完整语句（拷贝原文），体现出针对该功能研究的判断逻辑。
* 录入者姓名：
加载中...
如果由于网络原因导致此框一直不消失，请重新刷新页面！