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文献数据库——放射干预研究 v4.0
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第一部分 文献基本信息
*
title(文献的标题)
注:填写时请保留文末英文标点“.”
*
pmid(PubMed数据库中文献的编号)
第二部分 文献的研究类型
研究类型分为:现象研究、放射干预研究及功能研究
现象研究:观察不同放射敏感性状细胞系(或动物模型)的特征,并对其遗传分子差异进行比较。例如:基因表达、蛋白表达、甲基化、突变、非编码RNA等。
放射干预研究:对某一细胞系(或动物模型)进行某种辐射干预,观察该细胞系(或动物模型)辐射后遗传分子事件的变化,其目的是研究射线对细胞所造成的遗传学影响。
功能研究:对某一细胞系(或动物模型)进行分子生物学干预,或将其暴露于某种可控的因素下,研究该细胞系(或动物模型)放射敏感性的变化,其目的是研究影响细胞放射敏感性的分子生物学因素和(或)外源物质因素。
*
该文献是否包含
放射干预研究
?(radiation intervention study)
是
否
*
该干预研究是否需要填写7份或以上问卷?
请阅读原文后慎重选择
否
如为“否”,请继续填写以下问卷。
是
如为“是”,则跳至文末提交。
(一)起点:对象
*
1.1 tumor type
肿瘤类型参考TCGA的tumor type及简写,请选择下列之一的选项。如无匹配的肿瘤类型选项,请选择最末选项“Others”,并在空格处填写相应的肿瘤类型名称。
Acute Myeloid Leukemia (急性髓细胞样白血病, LAML)
Adrenocortical Carcinoma (肾上腺皮质癌, ACC)
Bladder Urothelial Carcinoma (膀胱尿路上皮癌, BLCA)
Brain Lower Grade Glioma (脑低级别神经胶质瘤, LGG)
Breast Invasive Carcinoma (乳腺癌, BRCA)
Cervical Squamous Cell Carcinoma and Endocervicl Adenocarcinoma (子宫颈鳞癌及子宫颈腺癌, CESC)
Cholangiocarcinoma (胆管细胞癌, CHOL)
Chronic Myelogenous Leukemia (慢性髓细胞性白血病, LCML)
Colon Adenocarcinoma (结肠腺癌, COAD)
Diffuse Large B-cell Lymphoma (弥漫性大B细胞淋巴瘤, DLBC)
Esophageal Adenocarcinoma (食管腺癌, EAC)
Esophageal Squamous Cell Carcinoma (食管鳞癌, ESCC)
Glioblastoma Multiforme (胶质母细胞瘤, GBM)
Head and Neck Squamous Non-nasopharyngeal Cell Carcinoma (头颈部鳞状细胞癌-非鼻咽癌, HNNSC)
Kidney Chromophobe (肾嫌色细胞癌, KICH)
Kidney Renal Clear Cell Carcinoma (肾透明细胞癌, KIRC)
Kidney Renal Papillary Cell Carcinoma (肾乳头细胞癌, KIRP)
Liver hepatocellular carcinoma (肝细胞肝癌, LIHC)
Lung Adenocarcinoma (肺腺癌, LUAD)
Lung Squamous Cell Carcinoma (肺鳞状细胞癌, LUSC)
Mesothelioma (间皮瘤, MESO)
Nasopharyngeal Squamous Cell Carcinoma (鼻咽鳞状细胞癌, NSCC)
Ovarian Serous Cystadenocarcinoma (卵巢浆液性囊腺癌, OV)
Pancreatic Adenocarcinoma (胰腺癌, PAAD)
Pheochromocytoma & Paraganglioma (嗜铬细胞瘤与副神经节瘤, PCPG)
Prostate Adenocarcinoma (前列腺癌, PRAD)
Rectum Adenocarcinoma (直肠腺癌, READ)
Sarcoma (肉瘤, SARC)
Skin Cutaneous Melanoma (皮肤黑色素瘤, SKCM)
Small Cell Lung Cancer (小细胞肺癌, SCLC)
Stomach Adenocarcinoma (胃腺癌, STAD)
Testicular Germ Cell Tumors (睾丸生殖细胞瘤, TGCT)
Thymoma (胸腺瘤, THYM)
Thyroid Carcinoma (甲状腺癌, THCA)
Uterine Carcinosarcoma (子宫癌肉瘤, UCS)
Uterine Corpus Endometrial Carcinoma (子宫内膜癌, UCEC)
Uveal Melanoma (葡萄膜黑色素瘤, UVM)
Others
请填写相应肿瘤类型的英文全称,非简写。例如,如文中肿瘤类型为非小细胞肺癌,但经查证,仍不能明确是腺癌还是鳞癌,可在此处填写“Non-Small Cell Lung Cancer”。
*
*
1.2 sample type(研究的样本类型)
cell line
animal model
所研究细胞来源于自发性肿瘤动物模型或诱发性肿瘤动物模型。如细胞来源于移植瘤肿瘤动物模型,则应归类为”cell line“选型。
human tissue
所研究细胞来源于人体组织
others
*
1.3 intervention object(干预对象-受辐射的样品名称)
细胞系相关信息可以查询:
https://web.expasy.org/cellosaurus/
注:请选用文中所列出的细胞系(或动物模型、人组织标本)名称,一个问卷只填写一个样本。如有多个样本,请新增问卷填写。
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插入说明
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关于“基因”与“蛋白”的说明:
在 描述基因、基因mRNAs或由其编码的蛋白质水平的变化时,经常会因错误使用命名规则而引发混淆。如果作者一会儿提及基因表达水平,一会儿转至蛋白质水 平,再过一会又回到基因,这只会乱上加乱,尤其是当基因和蛋白质同名时。因此,一般来讲作者会确切地告知读者所提及的到底是基因还是蛋白质。
另一方面,对于基因和蛋白的命名,不同物种有不同的命名 规则,但一般来说,基因名称应写成
斜体
,蛋白质则采用正体。大小写常用于区分不同物种:一般地,对于小鼠、大鼠和鸡,基因名称首字大写,其余小写;对于 人、灵长类和某些家禽/家畜,基因名称均使用大写字母。
还有,在描述mRNA时一般使用基因名称(如,“levels of p53 mRNA”),也可用“for”来加以连接(如,“levels of the mRNA for p53”)。“表达”(expression)一词通常用于描述基因表达,如果用于描述蛋白质和mRNA水平,就会引发混乱;因此,在提及蛋白质时,建议 不用“express”一词,而是直接改用“level”(或“levels”)。应高度注意所提及物种的适用命名规则;在文章中只要提及蛋白质、基因或mRNA的 名称,应确保其是明白无误的。
• “Expression of the
Igf1
gene was increased in our transgenic mice” (这里在提及基因时使用了斜体并加上“gene”一词,读者能够一目了然)
• “The levels of IGF1 mRNA were elevated in our patient group” (这是人类基因的正确命名规则)
• “The serum IGF1 levels were elevated in the transgenic mice” (这里很显然提及的是蛋白质,使用大写字母是适宜的,尽管物种是小鼠,因为这是小鼠蛋白质的正确命名规则)
出处:http://blog.sciencenet.cn/blog-288924-586711.html
(二)过程:干预(暴露)
2.1 辐射
*
2.1.1 intervention method(干预措施)
irradiation
射线辐射(放疗)作为必需干预措施
*
2.1.2 type of radiation source (干预措施中辐射所采用的射线类型)
α ray (α particles)
β ray (β particles)
γ ray
X ray (Photon)
Electron beam
Proton beam
Neutron beam
Heavy ion beam
eg. carbon ion
Radioisotope
放射性同位素。请在空格处填写同位素具体名称,上标用英文括号表示,如I (131)、Y (90)等。
*
others
*
-
原文未提及
*
2.1.3 radiation dose (干预措施中辐射所采用的照射剂量)
有
请填写具体剂量。并附上单位。
1. 剂量有两种表现形式,一种为辐射剂量,单位为格瑞,用“Gy”表示;一种为放射活性(放射源为同位素),单位为居里,用“mCi”表示;注意单位之间的换算;
2. 如辐射剂量作为变量因素,一个空格只填写一个剂量,并新增问卷填写其他剂量。
3. 如辐射剂量不作为变量因素,则可参照如下格式填写文中剂量,eg: 0, 2, 4, 6, 8 Gy(注:标点为英文半角)。
*
-
请仔细查找,除非原文的确未提及。
*
2.1.4 radiation fractionation (干预措施中辐射所采用的分割模式)
Single dose
Conventional fractionation
Accelerated fractionation
Hypofractionation
Hyperfractionation
Accelerated hyperfraction
others
*
-
原文未提及
2.2 其他干预措施或暴露因素
*
2.2.1 除辐射之外,是否同时存在分子生物学干预?
是
否
*
2.2.1.1 type of molecular biology intervention target(分子生物学干预靶点及其类型)
gene
如靶点为gene,点选并跳至下一题填写gene名称及ID
protein
如靶点为蛋白,请在空格处填写蛋白名称
*
microRNA
如靶点为microRNA,请在空格处填写相应microRNA名称
*
non-coding RNA
如靶点为non-coding RNA,请在空格处填写相应non-coding RNA名称
*
DNA methylation
请在空格处填写相应甲基化的结果。特别注意:如果甲基化仅涉及明确的单个基因,则填写gene名称及ID;如涉及多个基因或大片基因,则不填写具体gene名称及ID,用“-”代替。
*
somatic mutation
请在空格处填写相应突变的结果。特别注意:如果突变仅涉及明确的单个基因(如点突变),则填写gene名称及ID;如涉及多个基因或大片基因,则不填写具体gene名称及ID,用“-”代替。
*
others
如靶点非上述选项,请在空格处填写相应名称
*
*
2.2.1.2 gene name(基因名称)
请选用文中所列出的基因名称,一个问卷只填写一个基因。如有多个基因,请新增问卷填写。
*
2.2.1.3 gene id(基因ID)
基因ID查询网址:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/
注:请注意基因的种族(Species)及别名(Aliases),与文献进行核对后填写。
*
2.2.1.4 干预措施
*
2.2.2 除辐射之外,是否同时存在暴露因素?
是
否
*
2.2.2.1 type and name of exposure factors (暴露因素的类型及名称)
biological exposure
生物暴露(细胞外生物体)。请在空格处填写具体名称。eg. co-culture with macrophages...
*
chemical exposure
化学暴露(细胞外物质,包括抗体、拮抗剂、放疗增敏剂等等)。请填写具体化合物的名称。
特别注意:如在上述分子生物学干预中已经填写,如"block with CD147 antibody",此处仍要填写具体化合物名称。前者重点在于细胞内被干预的靶点(如CD147分子),这里重点在于外源的化合物(如CD147 antibody)。
*
physical exposure
物理暴露(细胞外环境或物理条件,包括氧浓度、温度、酸碱度等),请在空格处填写具体信息。eg. hypoxia, hypothermia, serum-free media...
*
others
如无法归入上述三类,可在空格中填写具体信息。
*
(三)终点:结局(遗传分子差异)
*
3.1. 结果一
是
否
*
3.1.1. 参照
研究中进行比较所选取的参照,可以为空白对照,也可以为阴性对照或干预对照。
注:
1. 请根据原文、实验结果图表的表述及作者原意(原文未提及的对比无需填写参照),在空格处填写具体的参照对象或参照干预措施,多个变量之间以“+”连接。如irridation (2, 4, 8 Gy)与
no irridation
比较, X-ray (2, 4, 8 Gy) + Hypoxia与
X-ray
(2, 4, 8 Gy) + Normoxia
比较,X-ray 2Gy + cisplation与
X-ray 8 Gy+ cisplation
比较,分别在空格处填写后者(高亮所示)。
2. 请注意,comparison遵循单一变量原则,请填写参照时慎重。
*
3.1.2 type of intervention outcome(放射干预所导致结果的类型)
gene expression
跳至下一题填写gene名称及ID
protein level
请在空格处填写相应蛋白名称
*
microRNA level
请在空格处填写相应microRNA名称
*
non-coding RNA level
请在空格处填写相应non-coding RNA名称
*
somatic mutation
请在3.4题处填写相应突变的结果。特别注意:如果突变仅涉及明确的单个基因(如点突变),则填写gene名称及ID;如涉及多个基因或大片基因,则不填写具体gene名称及ID,用“-”代替。
DNA methylation
请在3.4题填写相应甲基化的结果。特别注意:如果甲基化仅涉及明确的单个基因,则填写gene名称及ID;如涉及多个基因或大片基因,则不填写具体gene名称及ID,用“-”代替。
others
如非上述选项,请在空格处填写相应名称。参考填写:SNP...
*
*
3.1.3 gene name(基因名称)
请选用文中所列出的基因名称,一个问卷只填写一个基因。如有多个基因,请新增问卷填写。
*
3.1.4 gene id(基因ID)
基因ID查询网址:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/
注:请注意基因的种族(Species)及别名(Aliases),与文献进行核对后填写。
*
3.1.5 result of interventional study(改变结果)
注:每个问卷只填写一种改变结果,如有多种结果,请新增问卷填写。
no change
阴性结果,无统计学意义的改变。
up
例如原文对结果的判定为up-regulated, increased等
down
例如原文对结果的判定为down-regulated, decreased等
others
如原文的结果为文字表述,请填写具体结果,参考格式如下(包括但不限于):
EGFR exon 20 T790M; EGFR exon 19 deletion; ALK rearrangements; BCR-ABL gene fusion; MET amplification...
*
*
3.2 结果二
存在2个以上结果的,请新增问卷填写。
是
否
*
3.2.1 参照
研究中进行比较所选取的参照,可以为空白对照,也可以为阴性对照或干预对照。
注:
1. 请根据原文、实验结果图表的表述及作者原意(原文未提及的对比无需填写参照),在空格处填写具体的参照对象或参照干预措施,多个变量之间以“+”连接。如irridation (2, 4, 8 Gy)与
no irridation
比较, X-ray (2, 4, 8 Gy) + Hypoxia与
X-ray
(2, 4, 8 Gy) + Normoxia
比较,X-ray 2Gy + cisplation与
X-ray 8 Gy+ cisplation
比较,分别在空格处填写后者(高亮所示)。
2. 请注意,comparison遵循单一变量原则,请填写参照时慎重。
*
3.2.2 type of intervention outcome(放射干预所导致结果的类型)
gene expression
跳至下一题填写gene名称及ID
protein level
请在空格处填写相应蛋白名称
*
microRNA level
请在空格处填写相应microRNA名称
*
non-coding RNA level
请在空格处填写相应non-coding RNA名称
*
somatic mutation
请在3.4题处填写相应突变的结果。特别注意:如果突变仅涉及明确的单个基因(如点突变),则填写gene名称及ID;如涉及多个基因或大片基因,则不填写具体gene名称及ID,用“-”代替。
DNA methylation
请在3.4题填写相应甲基化的结果。特别注意:如果甲基化仅涉及明确的单个基因,则填写gene名称及ID;如涉及多个基因或大片基因,则不填写具体gene名称及ID,用“-”代替。
others
如非上述选项,请在空格处填写相应名称。参考填写:SNP...
*
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3.2.3 gene name(基因名称)
请选用文中所列出的基因名称,一个问卷只填写一个基因。如有多个基因,请新增问卷填写。
*
3.2.4 gene id(基因ID)
基因ID查询网址:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/
注:请注意基因的种族(Species)及别名(Aliases),与文献进行核对后填写。
*
3.2.5 result of interventional study(改变结果)
注:每个问卷只填写一种改变结果,如有多种结果,请新增问卷填写。
no change
阴性结果,无统计学意义的改变。
up
例如原文对结果的判定为up-regulated, increased等
down
例如原文对结果的判定为down-regulated, decreased等
others
如原文的结果为文字表述,请填写具体结果,参考格式如下(包括但不限于):
EGFR exon 20 T790M; EGFR exon 19 deletion; ALK rearrangements; BCR-ABL gene fusion; MET amplification...
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*
key sentences
请填写原文完整语句(拷贝原文),体现出针对该干预研究的判断逻辑。
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