肺炎克雷伯菌感染病例基因组报告指导临床决策

1. 问卷说明
本问卷全程严格保密，不涉及个人隐私泄露。

3. 病例1:持续感染 

9. 病例2:持续感染
基因组相关性:随访菌株与基线菌株属于同一克隆
持续性肺炎克雷伯菌肺炎。
所有菌株均来自同一感染部位 (菌株1 和 2: 呼吸道)。
感染持续时间:13 天。
所有菌株均对以下药物耐药: 美罗培南， 头孢曲松， 哌拉西林/他唑巴坦，和氨曲南。

15. 病例3:持续感染
基因组相关性:随访菌株与基线菌株属于同一克隆
持续性肺炎克雷伯菌菌血症。
感染持续时间:7 天。
感染部位:
菌株1 和 2: 血液。
菌株3: 导管。
所有菌株均对以下药物敏感: 美罗培南， 头孢曲松， 哌拉西林/他唑巴坦，和氨曲南。

21. 病例4:持续感染
基因组相关性:随访菌株与基线菌株属于同一克隆
持续性肺炎克雷伯菌泌尿生殖系统感染。
菌株来自同一感染部位 (菌株1 和 2: 宫颈)。
感染持续时间:15 天。
所有菌株均对以下药物敏感: 美罗培南， 头孢吡肟， 哌拉西林/他唑巴坦，和氨曲南。

27. 病例5:持续感染
基因组相关性:随访菌株与基线菌株属于同一克隆
持续性肺炎克雷伯菌肺炎。
菌株来自同一感染部位 (菌株1 和 2: 呼吸道)。
感染持续时间:18 天。
所有菌株均对以下药物耐药: 美罗培南和头孢曲松。
与基线菌株相比，随访菌株的 头孢他啶/阿维巴坦药敏表型 由敏感转为耐药。
大蜡螟感染模型显示，随访菌株感染后72小时死亡率高于基线菌株。

33. 病例6:持续感染
基因组相关性:随访菌株与基线菌株属于同一克隆
持续性肺炎克雷伯菌肺炎。
菌株来自同一感染部位 (菌株1-5: 呼吸道)。
感染持续时间: 35 天。
所有菌株均对以下药物耐药: 头孢曲松和氨曲南;对以下药物敏感: 亚胺培南。
基因组结果:持续感染体内进化分析包括 1株基线菌株， 4株持续感染菌株。
所有菌株均为 ST307。
未发现耐药基因获得。
突变/等位基因变化的耐药基因包括: CTX-M-15 → CTX-M-55 (可能导致广谱头孢菌素耐药水平/谱改变)。
未发现毒力基因获得。

39. 病例7:持续感染
基因组相关性:随访菌株与基线菌株属于同一克隆
持续性肺炎克雷伯菌菌血症，伴肺炎和尿路感染。
感染部位:
菌株1: 血液。
菌株2: 导管。
菌株3: 呼吸道。
菌株4: 尿液/尿路。
感染持续时间: 30 天。
所有菌株均对以下药物耐药: 美罗培南， 头孢曲松，和氨曲南。
基因组结果:持续感染体内进化分析包括 1株基线菌株， 3株持续感染菌株。
所有菌株均为 ST11。
未发现耐药基因获得。
主要突变/等位基因变化的耐药基因包括: KPC-2 → KPC-2* (可能导致碳青霉烯类耐药水平/谱改变);sul1^ → sul1 (可能导致磺胺类耐药水平/谱改变);dfrA12 → dfrA12* (可能导致甲氧苄啶耐药水平/谱改变)。
未发现毒力基因获得。

45. 病例8:持续感染
基因组相关性:随访菌株与基线菌株属于同一克隆
持续性肺炎克雷伯菌菌血症伴肺炎。
菌株来自同一感染部位 (菌株1-6: 呼吸道)。
感染持续时间: 10 天。
所有菌株均对以下药物敏感: 美罗培南， 头孢曲松，和氨曲南。

51. 病例9:持续感染
基因组相关性:随访菌株与基线菌株属于同一克隆
持续性肺炎克雷伯菌菌血症伴肺炎。
感染部位:
菌株1-3 和 8: 呼吸道。
菌株4-7: 血液。
感染持续时间: 48 天。
所有菌株均对以下药物敏感: 美罗培南。

57. 病例10:复发/再发感染
基因组相关性:随访菌株与基线菌株属于同一克隆
初次肺炎克雷伯菌肩峰化脓性感染。
再次发生 菌血症 24天后。
感染部位不同。
菌株1: 导管。
菌株2: 血液。
所有菌株均对以下药物敏感: 美罗培南。

63. 病例11:复发/再发感染
基因组相关性:随访菌株与基线菌株属于同一克隆
初次肺炎克雷伯菌肺炎。
再次发生 肺炎 42天后。
感染部位:
菌株1-2: 呼吸道 所有菌株均对以下药物敏感: 美罗培南， 头孢曲松， 哌拉西林/他唑巴坦，和氨曲南。

69. 病例12:复发/再发感染
基因组相关性:随访菌株与基线菌株属于同一克隆
初次肺炎克雷伯菌肺炎。
再次发生 尿路感染 50天后。
感染部位不同。
菌株1: 呼吸道。
菌株2: 尿液/尿路。
所有菌株均对以下药物耐药: 美罗培南， 头孢曲松，和氨曲南。

75. 病例13:复发/再发感染
基因组相关性:随访菌株与基线菌株属于同一克隆
初次肺炎克雷伯菌尿路感染。
再次发生 尿路感染 87天后。
感染部位相同。
菌株1-2: 尿液/尿路。
所有菌株均对以下药物耐药: 美罗培南， 头孢曲松， 哌拉西林/他唑巴坦，和环丙沙星。

81. 病例14:复发/再发感染
基因组相关性:随访菌株与基线菌株属于同一克隆
初次肺炎克雷伯菌肺炎。
再次发生 肺炎 19天后。
感染部位:
菌株1-2: 呼吸道。
所有菌株均对以下药物耐药: 美罗培南， 头孢吡肟，和环丙沙星。

87. 病例15:持续感染
基因组相关性:随访菌株与基线菌株属于不同克隆
肺炎克雷伯菌泌尿生殖系统感染。
感染部位相同。
菌株1-2: 宫颈。
感染持续时间: 34 天。
所有菌株均对以下药物敏感: 美罗培南和头孢吡肟。

93. 病例16:持续感染
基因组相关性:随访菌株与基线菌株属于不同克隆
肺炎克雷伯菌尿路感染伴肺炎。
感染部位:
菌株1: 尿液/尿路。
菌株2: 呼吸道。
感染持续时间: 5 天。
与基线菌株相比，随访菌株变为 对以下药物敏感: 美罗培南和头孢曲松。
大蜡螟感染模型显示，随访菌株感染后72小时死亡率高于基线菌株。

99. 病例17:持续感染
基因组相关性:随访菌株与基线菌株属于不同克隆
肺炎克雷伯菌肺炎。
感染部位:
菌株1-5: 呼吸道。
感染持续时间: 7 天。
所有菌株均对以下药物敏感: 美罗培南和头孢吡肟。
大蜡螟感染模型显示，随访菌株感染后72小时死亡率高于基线菌株。

105. 病例18:持续感染
基因组相关性:随访菌株与基线菌株属于不同克隆
肺炎克雷伯菌肺炎。
感染部位:
菌株1-3: 呼吸道。
感染持续时间: 109 天。
所有菌株均对以下药物敏感: 美罗培南和头孢吡肟。

111. 病例19:持续感染
基因组相关性:随访菌株与基线菌株属于不同克隆
肺炎克雷伯菌肺炎。
感染部位:
菌株1-6: 呼吸道。
感染持续时间: 14 天。
与基线菌株相比，随访菌株变为 对以下药物耐药: 头孢曲松和哌拉西林/他唑巴坦。

117. 病例20:复发/再发感染
基因组相关性:随访菌株与基线菌株属于不同克隆
初次肺炎克雷伯菌肺炎。
再次发生 肺炎 78天后。
感染部位:
菌株1-2: 呼吸道。
所有菌株均对以下药物耐药: 美罗培南和头孢吡肟。
基因组结果:再感染体内进化分析包括 1株基线菌株， 1株再感染菌株。
基线菌株为 ST412，随访菌株为 ST22。
主要获得的耐药基因包括: SHV-1^ (获得青霉素类耐药相关特征);KPC-2 (碳青霉烯类耐药相关特征 获得)。
未发现毒力基因获得。

123. 病例21:复发/再发感染
基因组相关性:随访菌株与基线菌株属于不同克隆
初次肺炎克雷伯菌肺炎。
再次发生 肺炎 24天后。
感染部位:
菌株1-2: 呼吸道。
所有菌株均对以下药物敏感: 美罗培南。
基因组结果:再感染体内进化分析包括 1株基线菌株， 1株再感染菌株。
基线菌株为 ST11，随访菌株为 ST1307。
主要获得的耐药基因包括: CTX-M-15 (获得广谱头孢菌素耐药相关特征)。
未发现毒力基因获得。

129. 病例22:复发/再发感染
基因组相关性:随访菌株与基线菌株属于不同克隆
初次肺炎克雷伯菌菌血症。
再次发生 尿路感染 70天后。
感染部位:
菌株1: 血液。
菌株2: 呼吸道。
所有菌株均对以下药物耐药: 美罗培南。
基因组结果:再感染体内进化分析包括 1株基线菌株， 1株再感染菌株。
基线菌株为 ST11，随访菌株为 ST65。
主要突变/等位基因变化的耐药基因包括: SHV-31^ → SHV-12 (获得广谱头孢菌素耐药相关特征)。
未发现毒力基因获得。

135. 病例23:复发/再发感染
基因组相关性:随访菌株与基线菌株属于不同克隆
初次肺炎克雷伯菌尿路感染。
再次发生 肺炎 40天后。
感染部位:
菌株1: 尿液/尿路。
菌株2: 呼吸道。
所有菌株均对以下药物耐药: 头孢曲松。
基因组结果:再感染体内进化分析包括 1株基线菌株， 1株再感染菌株。
基线菌株为 ST11，随访菌株为 ST1876。
主要获得的耐药基因包括: sul1，sul1，sul2* (获得磺胺类耐药相关特征);tet(A).v2 (四环素类耐药相关特征)。
未发现毒力基因获得。

141. 病例24:持续感染
基因组相关性:随访菌株与基线菌株属于同一克隆
持续性肺炎克雷伯菌肺炎。
菌株来自同一感染部位 (菌株1 和 2: 呼吸道)。
两株菌分别为 th25kp031和th25kp323。
随访菌株出现耐药基因改变，涉及 fosA3 → fosA3*。
基因组结果:持续感染体内进化分析包括 1株基线菌株， 1株持续感染菌株。
所有菌株均为 ST11。
未发现毒力基因获得。

147. 病例25:持续感染
基因组相关性:随访菌株与基线菌株属于同一克隆
持续性肺炎克雷伯菌肺炎。
菌株来自同一感染部位 (菌株1 和 2: 呼吸道)。
两株菌分别为 TH3067和TH3085。
随访菌株出现耐药基因改变，涉及 SHV-11 → SHV-12。