文献数据库——放射干预研究 v4.0
第一部分 文献基本信息
title(文献的标题)
pmid(PubMed数据库中文献的编号)
第二部分 文献的研究类型
研究类型分为:现象研究、放射干预研究及功能研究
现象研究:观察不同放射敏感性状细胞系(或动物模型)的特征,并对其遗传分子差异进行比较。例如:基因表达、蛋白表达、甲基化、突变、非编码RNA等。
放射干预研究:对某一细胞系(或动物模型)进行某种辐射干预,观察该细胞系(或动物模型)辐射后遗传分子事件的变化,其目的是研究射线对细胞所造成的遗传学影响。
功能研究:对某一细胞系(或动物模型)进行分子生物学干预,或将其暴露于某种可控的因素下,研究该细胞系(或动物模型)放射敏感性的变化,其目的是研究影响细胞放射敏感性的分子生物学因素和(或)外源物质因素。
该文献是否包含
放射干预研究
?(radiation intervention study)
是
否
该干预研究是否需要填写7份或以上问卷?
否
是
(一)起点:对象
1.1 tumor type
Acute Myeloid Leukemia (急性髓细胞样白血病, LAML)
Adrenocortical Carcinoma (肾上腺皮质癌, ACC)
Bladder Urothelial Carcinoma (膀胱尿路上皮癌, BLCA)
Brain Lower Grade Glioma (脑低级别神经胶质瘤, LGG)
Breast Invasive Carcinoma (乳腺癌, BRCA)
Cervical Squamous Cell Carcinoma and Endocervicl Adenocarcinoma (子宫颈鳞癌及子宫颈腺癌, CESC)
Cholangiocarcinoma (胆管细胞癌, CHOL)
Chronic Myelogenous Leukemia (慢性髓细胞性白血病, LCML)
Colon Adenocarcinoma (结肠腺癌, COAD)
Diffuse Large B-cell Lymphoma (弥漫性大B细胞淋巴瘤, DLBC)
Esophageal Adenocarcinoma (食管腺癌, EAC)
Esophageal Squamous Cell Carcinoma (食管鳞癌, ESCC)
Glioblastoma Multiforme (胶质母细胞瘤, GBM)
Head and Neck Squamous Non-nasopharyngeal Cell Carcinoma (头颈部鳞状细胞癌-非鼻咽癌, HNNSC)
Kidney Chromophobe (肾嫌色细胞癌, KICH)
Kidney Renal Clear Cell Carcinoma (肾透明细胞癌, KIRC)
Kidney Renal Papillary Cell Carcinoma (肾乳头细胞癌, KIRP)
Liver hepatocellular carcinoma (肝细胞肝癌, LIHC)
Lung Adenocarcinoma (肺腺癌, LUAD)
Lung Squamous Cell Carcinoma (肺鳞状细胞癌, LUSC)
Mesothelioma (间皮瘤, MESO)
Nasopharyngeal Squamous Cell Carcinoma (鼻咽鳞状细胞癌, NSCC)
Ovarian Serous Cystadenocarcinoma (卵巢浆液性囊腺癌, OV)
Pancreatic Adenocarcinoma (胰腺癌, PAAD)
Pheochromocytoma & Paraganglioma (嗜铬细胞瘤与副神经节瘤, PCPG)
Prostate Adenocarcinoma (前列腺癌, PRAD)
Rectum Adenocarcinoma (直肠腺癌, READ)
Sarcoma (肉瘤, SARC)
Skin Cutaneous Melanoma (皮肤黑色素瘤, SKCM)
Small Cell Lung Cancer (小细胞肺癌, SCLC)
Stomach Adenocarcinoma (胃腺癌, STAD)
Testicular Germ Cell Tumors (睾丸生殖细胞瘤, TGCT)
Thymoma (胸腺瘤, THYM)
Thyroid Carcinoma (甲状腺癌, THCA)
Uterine Carcinosarcoma (子宫癌肉瘤, UCS)
Uterine Corpus Endometrial Carcinoma (子宫内膜癌, UCEC)
Uveal Melanoma (葡萄膜黑色素瘤, UVM)
Others
1.2 sample type(研究的样本类型)
cell line
animal model
human tissue
others
1.3 intervention object(干预对象-受辐射的样品名称)
------
插入说明
------
关于“基因”与“蛋白”的说明:
在 描述基因、基因mRNAs或由其编码的蛋白质水平的变化时,经常会因错误使用命名规则而引发混淆。如果作者一会儿提及基因表达水平,一会儿转至蛋白质水 平,再过一会又回到基因,这只会乱上加乱,尤其是当基因和蛋白质同名时。因此,一般来讲作者会确切地告知读者所提及的到底是基因还是蛋白质。
另一方面,对于基因和蛋白的命名,不同物种有不同的命名 规则,但一般来说,基因名称应写成
斜体
,蛋白质则采用正体。大小写常用于区分不同物种:一般地,对于小鼠、大鼠和鸡,基因名称首字大写,其余小写;对于 人、灵长类和某些家禽/家畜,基因名称均使用大写字母。
还有,在描述mRNA时一般使用基因名称(如,“levels of p53 mRNA”),也可用“for”来加以连接(如,“levels of the mRNA for p53”)。“表达”(expression)一词通常用于描述基因表达,如果用于描述蛋白质和mRNA水平,就会引发混乱;因此,在提及蛋白质时,建议 不用“express”一词,而是直接改用“level”(或“levels”)。应高度注意所提及物种的适用命名规则;在文章中只要提及蛋白质、基因或mRNA的 名称,应确保其是明白无误的。
• “Expression of the
Igf1
gene was increased in our transgenic mice” (这里在提及基因时使用了斜体并加上“gene”一词,读者能够一目了然)
• “The levels of IGF1 mRNA were elevated in our patient group” (这是人类基因的正确命名规则)
• “The serum IGF1 levels were elevated in the transgenic mice” (这里很显然提及的是蛋白质,使用大写字母是适宜的,尽管物种是小鼠,因为这是小鼠蛋白质的正确命名规则)
出处:http://blog.sciencenet.cn/blog-288924-586711.html
(二)过程:干预(暴露)
2.1 辐射
2.1.1 intervention method(干预措施)
irradiation
2.1.2 type of radiation source (干预措施中辐射所采用的射线类型)
α ray (α particles)
β ray (β particles)
γ ray
X ray (Photon)
Electron beam
Proton beam
Neutron beam
Heavy ion beam
Radioisotope
others
-
2.1.3 radiation dose (干预措施中辐射所采用的照射剂量)
有
-
2.1.4 radiation fractionation (干预措施中辐射所采用的分割模式)
Single dose
Conventional fractionation
Accelerated fractionation
Hypofractionation
Hyperfractionation
Accelerated hyperfraction
others
-
2.2 其他干预措施或暴露因素
2.2.1 除辐射之外,是否同时存在分子生物学干预?
是
否
2.2.1.1 type of molecular biology intervention target(分子生物学干预靶点及其类型)
gene
protein
microRNA
non-coding RNA
DNA methylation
somatic mutation
others
2.2.1.2 gene name(基因名称)
2.2.1.3 gene id(基因ID)
2.2.1.4 干预措施
2.2.2 除辐射之外,是否同时存在暴露因素?
是
否
2.2.2.1 type and name of exposure factors (暴露因素的类型及名称)
biological exposure
chemical exposure
physical exposure
others
(三)终点:结局(遗传分子差异)
3.1. 结果一
是
否
3.1.1. 参照
3.1.2 type of intervention outcome(放射干预所导致结果的类型)
gene expression
protein level
microRNA level
non-coding RNA level
somatic mutation
DNA methylation
others
3.1.3 gene name(基因名称)
3.1.4 gene id(基因ID)
3.1.5 result of interventional study(改变结果)
no change
up
down
others
3.2 结果二
是
否
3.2.1 参照
3.2.2 type of intervention outcome(放射干预所导致结果的类型)
gene expression
protein level
microRNA level
non-coding RNA level
somatic mutation
DNA methylation
others
3.2.3 gene name(基因名称)
3.2.4 gene id(基因ID)
3.2.5 result of interventional study(改变结果)
no change
up
down
others
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